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論文查重需要把參考文獻放進去，其目的有三即：為了能反映出真實的科學依據(jù)；為了體現(xiàn)嚴肅的科學態(tài)度，分清是自己的觀點或成果還是別人的觀點或成果；為了對前人的科學成果表示尊重，同時也是為了指明引用資料出處，便于檢索。
論文的撰寫應本著嚴謹、求實的科學態(tài)度，凡有引用他人成果之處，均應按論文中所出現(xiàn)的先后次序列于參考文獻中，并且只列出正文中以標注形式引用或參考的有關(guān)著作和論文，參考文獻應按正文中出現(xiàn)的順序列出直接引用的主要參考文獻。 一般而言，無論是高校還是雜志社在對論文進行知網(wǎng)查重過程中，主要考慮的是論文的去除引用文獻的重復率部分，這也可以在知網(wǎng)檢測報告當中體現(xiàn)出來，知網(wǎng)報告當中有一個全文的重復率部分，還有一個部分是去除引用文獻的重復率部分，因此，一般而言，即使論文作者對其他論文進行引用，只要引用格式正確，一般都會被知網(wǎng)論文查重軟件自動識別為引用部分，以綠色字體標注，在去除引用文獻部分的重復率會有所體現(xiàn)。
知網(wǎng)參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且知網(wǎng)檢測系統(tǒng)時，就算把全部的論文上傳上去，知網(wǎng)檢測查重系統(tǒng)也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。
簡單來說，按照學校要求的大綱架構(gòu)和參考文獻引用規(guī)范（GB/T-7714）去寫論文，知網(wǎng)都能識別出參考文獻部分，并在查重時自動剔除。 不僅是參考文獻部分，諸如論文封面、目錄、成果清單等內(nèi)容也是不在查重范圍內(nèi)的。 而且，在查重報告中， 不納入查重范圍的參考文獻、目錄等內(nèi)容都會以灰色字體顯示，而正文則以黑色字體顯示。 通過這點，也可以幫助我們判斷知網(wǎng)是否成功識別了參考文獻等無需查重的內(nèi)容。 那么，有人可能會說： 干脆在查重前把參考文獻部分刪除不就行了嗎？ 如果你自己掏錢購買的查重服務，確實可以考慮這么做。 但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了知網(wǎng)查重服務，并集成到研究生管理系統(tǒng)了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。